Sơ đồ tổ chức của Gemadept được triển khai chặt chẽ, khoa học, đảm bảo hoạt động đúng chức năng, nhiệm vụ, phát huy tối đa năng lực, chuyên môn và hiệu quả. Trách nhiệm từ các cấp quản lý, các phòng ban, đơn vị cho đến từng cá nhân được phân định rõ ràng, cụ thể, đảm bảo để Công ty hoạt động thông suốt, hợp lực sức mạnh tập thể, góp phần đưa Gemadept phát triển cân bằng, bền vững và trường tồn.